许多玩家反映《手游少年三国志零》的系统功能过于复杂。游戏内涵盖了众多系统，如兵种系统、技能系统、装备系统、阵法系统等等，每个系统又分为多个子系统。这种复杂性虽然能提供丰富的游戏体验，却也让不少初入者感到迷茫，难以快速上手。尤其对于非核心玩家而言，游戏的这种复杂性可能会影响到他们的游戏体验，让人望而却步。
部分玩家提及，《手游少年三国志零》存在一定的平衡问题。这主要体现在武将之间的实力差距、主线任务难度和PVP对战平衡等方面。有些高星级的武将在实际对战中显著强于其他武将，这种不平衡性导致玩家在组建队伍时缺乏多样化的选择。而主线任务在后期难度激增，对玩家的装备和武将等级提出了较高要求，导致不少玩家陷入瓶颈。PVP对战中，同样因为武将和装备的不平衡，使得部分玩家在对战中显著处于劣势。
在《手游少年三国志零》中，养成元素十分强大，无论是武将的培养还是装备的收集，都需要大量的时间和资源。这种养成机制确实能增加游戏的深度和可玩性，但同时也拉长了游戏的节奏，尤其是在中后期，资源的紧张和养成难度的加大，让许多玩家感到进展缓慢，难以在短时间内感受到成就感。
另虽然《手游少年三国志零》宣称自己是一款免费游戏，但实际上，游戏内部存在不少消费诱导的元素。为了快速提升实力，许多玩家不得不选择通过消费购买资源、武将和装备。这种情况在竞技类活动中尤为明显，消费水平在一定程度上影响了玩家的竞技成绩，使得“充值=实力”的现象逐渐显现。
随着游戏版本的不断更新，虽然新的内容能为玩家带来新鲜感，但同时也带来了一系列问题。一些更新不够成熟，甚至出现了bug和数据失衡的现象，影响了玩家的游戏体验。而对于老玩家而言，每次大的更新都意味着要适应新的游戏环境和规则，这种不断的变化让一部分玩家感到疲惫。
《手游少年三国志零》作为一款主打策略与养成的手游，无疑在视觉效果和游戏深度上都有着不错的表现。难以克服的系统复杂性、游戏内平衡问题、养成元素过强导致的缓慢游戏节奏、内部消费诱导以及更新迭代带来的问题，都是其在发展过程中亟需解决的挑战。希望开发团队能够综合玩家的反馈，持续优化游戏体验，让《手游少年三国志零》成为更多玩家心目中的经典之作。
